La formation à la recherche et par la recherche est une des missions du CIST.
Jusqu’en 2021, elle a consisté en des interventions ponctuelles dans le cadre des axes, des collaborations avec des institutions partenaires ou encore à travers le soutien apporté par le CIST à la mise en place d’une école thématique sur les systèmes d’information géographiques reproductibles (SIGR2021) portée par l’UAR RIATE.
Le soutien apporté par le CIST à la revue et l’association Feuilles de géographie, projet exploratoire du CIST depuis 2021, confirme l’importance de l’engagement du CIST dans le domaine de la formation.
Une étape importante dans l’internationalisation de la mission de formation du CIST est la mise en place de l’école d’été « Méthodes et outils des sciences des territoires : une perspective Nord-Sud » (EE2022) à destination d’une trentaine de formateur.rices français et africains à Paris en 2022 puis à Ouidah (Bénin) en 2023.